Las colecciones de la Pinacoteca de Brera, nacen de la concentración de pinturas para la promulgación de unas leyes con el fin de suprimir las iglesias y los conventos durante la época napoleónica (1798). Las mismas, fueron enriquecidas cuando se anexaron a la Academia de Bellas Artes.
De esta manera, fueron expuestas las obras que se convertirían en el símbolo del museo: "El matrimonio de la Virgen" (1504) de Rafael, "Virgen con el Niño" (1510) de Gentile Bellini, la "Crucifixión" de Bramantino. Con la coronación de Napoleón (1805), volvieron a exhibirse las pinturas más importantes en los departamentos del Reino. En 1813, gracias a un convenio con el Museo del Louvre, llegaron a Brera cinco pinturas de Rubens, Joardens, Van Dyck y Rembrandt para representar a la escuela flamenca del siglo XVII. Durante los mismos años, se agregaron de varias iglesias, los frescos de Bernardino Luini, Gaudenzio Ferrari, Vincenzo Foppa, Borgoña y Bramantino, dando lugar, a una de las mayores colecciones de este género. Desde 1815, con la Restauración, el continuo crecimiento de las colecciones de la pinacoteca continuó con el famoso "Cristo Muerto" de Mantegna y “ la Virgen del Jardín de Rosas” de Luini, que llegó a Brera en 1826. Desde 1898, se agregaron, importantes obras de Correggio, Pietro Longhi, Piazzetta, Tiepolo, Canaletto y Fattori, también la "Cena de Emaús" de Caravaggio y “la Pérgola” de Silvestro Lega, comprados por la Asociación Amigos de Brera y Museos de Milán. El museo fue renovado e inaugurado a mediados de 1950 y posee un carácter moderno.
Durante los años ochenta se estudia una nueva planificación museográfica para Brera, caracterizada por materiales inéditos e innovadores.