Museos Museo del Tesoro della basilica di San Francesco El museo alberga 56 pinturas de la colección F.M. Perkins. Sus colecciones son las más importantes de toda Italia; las encontramos divididas en dos salas, en las que encontramos pinturas, manuscritos, esculturas, cerámica.
Museos Museo di San Pietro Este museo se construyó en el siglo X. Es conocida por la cripta con el sarcófago de San Vittorio y el Sacello de reliquias. También cabe destacar el pozo de los mártires compañeros de San Vittorino, el pasaje subterráneo que conectaba el antiguo fondo con el hospital benedictino y la arquitectura románica utilizada para construir el edificio.
Museos Galleria d'Arte Contemporanea Con el fin de documentar varias representaciones iconográficas de Cristo, en arte contemporáneo, el P. Giovanni Rossi diseñó y creó la Galería. El museo se inauguró en 1951 y forma parte de la red de museos eclesiásticos de Umbría. En el interior se pueden admirar numerosas fotografías de obras de arte antiguas y contemporáneas.
Museos Museo degli Indios dell'Amazzonia El Amazonas Indian Museum es el primer museo multimedia misionero del mundo. Fue inaugurado en Navidad de 1972 con material de la misión de los frailes menores capuchinos de Umbría en el Alto Solimóes de la Amazonía (Brasil), con el objetivo de promover una cultura casi hasta las antípodas de la occidental.
Museos Pinacoteca Comunale La Galería de Arte se encuentra en el Palazzo Vallemani, construido en el siglo XVII. Está compuesto por una rica colección de pinturas y frescos de los siglos XIV al XVII. Se ha dedicado un amplio espacio a los artistas de la escuela giottesca, entre los que podemos nombrar Andrea y Tiberio de Asís, Puccio Capanna y Dono Doni. Cabe mencionar la Virgen en Majestad de Giotto y una Virgen con el Niño de Perugino que están presentes en la Galería de Arte y que se encuentran entre las más visitadas.
Museos Foro Romano e Collezione Archeologica Se encuentra en la zona más céntrica de Asís, donde se encontraban los principales edificios medievales y donde hoy se encuentra el templo de Minerva. El camino que hay que seguir para admirar este museo se llama «Viaje a la antigua plaza de Asís» y comienza con la llamada terraza central, que es una construcción monumental construida en el siglo II a. C., y termina en la antigua cripta de San Nicolò, hogar de la mayoría de los epígrafes y urnas que se encuentran en el ciudad.