En el año 1779, se creó la cátedra de "Botánica y Materia Médica" en el antiguo bastión de Porta Carini. Las tierras linderas, dieron lugar a un pequeño jardín botánico. El objetivo fue el cultivo de los "simples", es decir, de las plantas medicinales útiles para la enseñanza y la salud pública.

Ya en el año 1786, se decidió su traslado a una sede más apropiada, cerca de la Villa Giulia . La construcción del edificio principal del Jardín Botánico, en estilo neoclásico, fue terminada en 1795. Se trata de un edificio central, el Gymnasium y dos cuerpos laterales, el Tepidarium y Calidarium, diseñado por el arquitecto francés León Dufourny . Cerca del Gymnasium, se ubica la porción más antigua del jardín, donde las diversas especies están distribuidas, de acuerdo al sistema de clasificación de Linneo.

El gran Ficus Magnolioide, que es el símbolo del Jardín, fue importado en 1845 desde las islas de Norfolk. Las colecciones científicas cuentan con más de 12.000 especies. Las principales de estas colecciones, son las plantas procedentes de zonas, donde el clima subtropical tiene muchas características en común con la costa de Sicilia.