La iglesia de San Domenico alberga en el convento anexo, el Museo Arqueológico, dividido en dos núcleos pincipales: el antiguo museo prehistórico y la colección de antigüedades de Filippo Frigeri. Numerosas son las muestras conservadas, todas de origen local, ya sea de la época prehistórica como de la etrusca y romana: las de mayor valor son las numerosas láminas de bronce en relieve y sobre todo el célebre Cippus Perusinus, el Cipo de Perugia: una pilastra que contiene una de las incripciones etruscas más largas, jamás vistas. Se trata de un bloque compacto de travertino con una inscripción (24 líneas sobre la parte anterior y 22 sobre la lateral) en alfabeto etrusco, se encuentra fechada entre el III y el siglo II a. C. El contenido de la inscripción se refiere a un acto jurídico estipulado entre dos familias por la posesión de una propiedad. De gan interés histórico-arqueológico es además, la reconstrucción en el lugar de la tumba de los Cai-Cutu (siglos III – I a. C.), comprensiva de los correspondientes ajuares funerarios. Muchos de los objetos prehistóricos provienen de la adquisición de una colección privada, pero también de campañas de excavación que, hasta los primeros años del siglo XX, ampliaron las existencias del museo.